1990 m. kovo 11 d. atkūrus Lietuvos valstybės nepriklausomybę, vienas svarbiausių Lietuvos archyvų sistemos pokyčių buvo slaptųjų Lietuvos komunistų partijos (LKP) ir Lietuvos SSR valstybės saugumo komiteto (KGB) archyvų integravimas į valstybinių archyvų struktūrą. 1990 m. rugpjūčio 23 d. LKP archyvas buvo priimtas Lietuvos valstybės nuosavybėn ir įjungtas į valstybinių archyvų sistemą. 1991 m. rugpjūčio 23 d. nutraukus SSRS KGB padalinio Lietuvoje veiklą, pradėtas jo dokumentų perėmimas valstybiniam saugojimui, kuris truko iki 1996 m.
LKP, LSSR KGB, LSSR vidaus reikalų ministerijos (MVD) dokumentams saugoti 1995 m. spalio 10 d. buvo įsteigtas Lietuvos ypatingasis archyvas.
2021 m. minint Lietuvos archyvų šimtmetį, Lietuvos ypatingasis archyvas parengė virtualią parodą, skirtą vienam iš Lietuvos archyvų istorijos puslapių – LKP ir KGB archyvų integravimui į Lietuvos valstybinių archyvų sistemą – apžvelgti. Parodoje skelbiami dokumentai ir nuotraukos saugomos Lietuvos ypatingajame archyve, Lietuvos centriniame valstybės archyve, Lietuvos valstybės naujajame archyve, Lietuvos Respublikos Seimo archyve ir Lietuvos Respublikos Vyriausybės kanceliarijos archyve.
Parodos kuratorė Lietuvos ypatingojo archyvo LKP dokumentų skyriaus vedėja Nijolė Maslauskienė.
Bendraukime Lietuvos partizanų dokumentų elektroniniame archyve (epartizanai.archvai.lt), Lietuvos ypatingojo archyvo saugomų skaitmeninių vaizdų archyve (lyavaizdai.archyvai.lt) ir Lietuvos archyvų virtualių parodų portale (virtualios-parodos.archyvai.lt).