Mindaugas Tomonis gimė 1940 m. rugpjūčio 28 d. Vilniuje. 1943 m. nacistinės Vokietijos okupacinei valdžiai uždarius Vilniaus universitetą, kuriame dirbo M. Tomonio tėvas ‒ teisininkas Stasys Tomonis, Tomonių šeima persikėlė gyventi į Kauną.
1957 m. M. Tomonis baigė vidurinę mokyklą ir Kauno politechnikos institute pradėjo studijuoti chemijos technologiją. Baigęs institutą, dirbo Kuršėnų-Daugėlių silikatinių plytų gamykloje, Lietuvos statybos ir architektūros mokslinio tyrimo institute Kaune. 1967 m. apsigynė technikos mokslų kandidato disertaciją. 1968 m. su šeima persikėlė gyventi į Vilnių, įsidarbino Puslaidininkių fizikos institute, vėliau Paminklų konservavimo institute dirbo Chemijos laboratorijos vedėju.
Pirmuosius eilėraščius M. Tomonis parašė mokydamasis vidurinėje mokykloje. Laikraščiui „Kauno tiesa“ rašė nedidelius straipsnius apie kultūrinius renginius, informacines žinutes apie įvairias mieste pastebėtas negeroves. Poezijos neapleido ir tapęs techninių mokslų atstovu bei pradėjęs dirbti. Tomo Kuršio slapyvardžiu pasirašytos jo eilės buvo skelbiamos periodinėje spaudoje, „Poezijos pavasario“ almanache ir kt. M. Tomonis domėjosi filosofija, rengė Lietuvos filosofijos istoriją, rašė M. K. Čiurlionio jubiliejiniams metams skirtą filosofinę apybraižą „Žinia“. 1971 m. buvo priimtas į Lietuvos SSR rašytojų sąjungos Jaunųjų rašytojų sekciją.
Į saugumo akiratį M. Tomonis pateko apie 1972‒1973 m. Valstybės saugumo komiteto (KGB) prie Lietuvos SSR Ministrų Tarybos dokumentuose yra užfiksuota, kad 1973 m. liepos 12 d. jis bandė apsilankyti JAV ambasadoje „neva norėdamas pasidalinti patirtimi kultūros paminklų konservavimo klausimais“, taip pat, kad M. Tomonis sovietiniam saugumui yra žinomas kaip žmogus skleidžiantis „antitarybinius ir nacionalistinius pasisakymus“, nurodyta jį stebėti bei tikrinti.
1974 m. balandžio mėn. M. Tomonis kategoriškai atsisakė vykti tirti prieš keletą metų Kryžkalnyje pastatyto paminklo sovietinei armijai „išvaduotojai“ būklę. Paminklų konservavimo instituto vadovybei reikalaujant, jis parašė išsamų paaiškinimą, kuriame atvirai išdėstė savo pažiūras, pareikšdamas, kad kol nėra įamžintas stalininio laikotarpio sovietinių represijų aukų atminimas, kol SSRS respublikoms nėra garantuota laisvė atgauti „pilnavertišką valstybingumą“, kol Sovietų Sąjungoje egzistuoja antidemokratinė vienpartinė sistema – tol negalima „prisidėti prie Lietuvos valstybingumą panaikinusių ir sukėlusių tiek neteisybės įvykių įamžinimo“. M. Tomonis taip pat ignoravo sovietinio karinio komisariato jam siunčiamus šaukimus į karinius mokymus.
Sovietų Sąjungos vadovybei sušvelninus represinę politiką, oficialiai pasmerkus J. Stalino „asmenybės kultą“, pasauliui skelbiant, kad SSRS garantuoja sąžinės laisvę bei gerbia piliečių žmogaus teises, pakito represinė politika asmenų, reiškusių nepasitenkinimą sovietine santvarka ar atskirais sovietų valdžios veiksmais, atžvilgiu. Daliai disidentų, tiesos ieškotojų ir kitų komunistiniam režimui nepalankių asmenų GULAG’o barakus pakeitė psichiatrijos ligoninės. Atsižvelgiant į sovietų vadovybės paskelbtą kredo, kad nepatenkinti gyvenimu „pažangiausioje pasaulio valstybėje“ gali būti tik nestabilios psichikos asmenys, akademiko Andrejaus Snežnevskio iniciatyva, kitaminčiams buvo pradėta taikyti Vakarų psichiatrų nepripažinta diagnozė ‒ vangios eigos šizofrenija. Vangios eigos šizofrenija su „paranoidiniu sindromu“ buvo diagnozuota ir M. Tomoniui.
M. Tomonio ligos istorijos epikrizėje išdėstyti svarbiausi poeto, filosofo, technikos mokslų kandidato psichinio sutrikimo „simptomai“: „prieš kelis metus pradėjo domėtis idealistine filosofija“, „pradėjo rašyti mistinio turinio eilėraščius, (...) propaguoti Lietuvos atsiskyrimą nuo TSRS“. Psichinio sutrikimo požymiais laikomas reikalavimas statyti paminklus nukentėjusiems nuo Stalino kulto ir net tikėjimas Dievu. Labiau pagrįstu „paranoidinio sindromo“ požymiu būtų galima laikyti M. Tomonio įtarimus, kad KGB jį seka, kad jo namuose yra įrengta pasiklausymo aparatūra. Atsižvelgiant į iki mūsų dienų išlikusius dokumentus, akivaizdu, jog šie įtarimai buvo pakankamai pagrįsti. Be to, panašiais „sindromais“ anuomet „sirgo“ nemaža pabendrauti aktualiomis temomis bei laisviau padiskutuoti politiniais klausimais linkusios inteligentijos dalis.
Pirmą kartą 1974 m. paguldytas į psichoneurologinę ligoninę, M. Tomonis buvo ten laikomas keturis mėnesius. Išėjęs iš ligoninės planavo ieškoti kito darbo, tačiau buvo grąžintas į ankstesnę darbovietę Paminklų konservavimo institute, kur pagal pranešimus pogrindinėje Lietuvos spaudoje, patyrė psichologinį terorą. Instituto vadovybė nedavė jam jokio rimtesnio darbo, neskyrė užduočių, sudarė slogią atmosferą.
Nepaisydamas saugumo darbuotojų, agentų bei lojalių sovietinei santvarkai kolegų dėmesio, M. Tomonis toliau tęsė savo kovą už tiesą. 1974 m. gruodžio 29 d. Lietuvos SSR ateizmo muziejaus, veikusios Vilniaus Šv. Kazimiero bažnyčioje, atsiliepimų knygoje jis parašė du ilgus atsiliepimus, kuriuose aštriai kritikavo sovietinės ateistinės propagandos absurdiškumą. 1975 m. birželio mėn. išsiuntė laišką Lietuvos komunistų partijos centro komitetui, kuriame kvietė vykdyti „žmogiškumo revoliuciją“ ‒ galutinai likviduoti stalininio asmenybės kulto ir „chruščiovinio subjektyvizmo“ klaidas, pasmerkti Stalino laikų SSRS užsienio politikos klaidas, tarp jų ‒ Lietuvos, Latvijos ir Estijos okupaciją. Laiške taip pat buvo griežtai pasisakoma prieš tikinčiųjų diskriminaciją, reikalaujama baigti kitaip mąstančių žmonių persekiojimą, panaikinti „nenormalią ir antidemokratišką“ vienpartinę sistemą.
1975 m. vasarą M. Tomonis buvo antrą kartą paguldytas į psichoneurologinę ligoninę. Pirmosiomis buvimo ligoninėje dienomis mirė jo motina. Iš ligoninės M. Tomonis buvo išleistas 1975 m. liepos mėnesį, su sąlyga, kad nuolat lankysis vaistų injekcijoms.
1975 m. lapkričio 5 d. M. Tomonio kūnas buvo rastas ant geležinkelio bėgių Vilniuje netoli Rasų kapinių. Namuose buvo paliktas raštelis: „vaikai, prašykite Dieduko, kad jis pas jus apsigyventų ir padėtų mokytis ir gyventi“. Įvykį tyrusi Vilniaus miesto Tarybų rajono prokuratūra atsisakė kelti baudžiamąją bylą dėl akivaizdžios savižudybės ir nusikaltimo sudėties nebuvimo.
Sovietų saugumui tvirtinant, kad M. Tomonis buvo gyvenimą savižudybe baigęs gana tipiškas, į depresiją linkęs psichinis ligonis, pogrindinėje Lietuvos spaudoje buvo teigiama, kad su tiesos ieškojusiu, antisovietines pažiūras atvirai reiškusiu, už sąžinės laisvę kovojusiu poetu ir filosofu buvo brutaliai susidorota.
2008 m. Lietuvos Respublikos Prezidento dekretu M. Tomonis (po mirties) apdovanotas Vyčio Kryžiaus ordino Komandoro kryžiumi.
Parengė Lietuvos ypatingojo archyvo VRM dokumentų skyriaus vedėjas Povilas Girdenis