Būsimasis arkivyskupas Teofilius Matulionis gimė 1873 m. liepos 4 d. Utenos aps. Kudoriškio viensėdyje, ūkininkų šeimoje. 1892 m. baigęs Daugpilio (Latvija) realinę gimnaziją įstojo studijuoti į Sankt Peterburgo dvasinę akademiją, kurią baigęs 1900 m. birželio 26 d. buvo paskirtas Varaklianų (Latvija) bažnyčios vikaru, 1901 m. lapkričio mėn. – kaimyninės Bikavos Švč. Jėzaus Širdies titulo bažnyčios klebonu, kur dirbo iki 1910 m. Būtent čia jis pirmą kartą susidūrė su dilema: paklusti pasaulietiniams ar Bažnyčios įstatymams ir be dvejonių pasirinko Bažnyčią. Nusižengdamas carinėje Rusijoje galiojusiam įstatymui, pagal kurį katalikų kunigams buvo draudžiama krikštyti kūdikius, jei vienas iš tėvų yra katalikas, o kitas stačiatikis, kun. T. Matulionis slaptai pakrikštijo svetimoje parapijoje gyvenusios šeimos silpną kūdikį, kurio motina buvo stačiatikė. Už tokį poelgį T. Matulionis Teismo Rūmų Sankt Peterburge 1909 m. balandžio 16 d. sprendimu buvo nubaustas 50 rublių pinigine bauda, atleistas iš klebono pareigų ir išsiųstas į dominikonų vienuolyną, įsikūrusi prie Šv. Kotrynos bažnyčios Sankt Peterburge.

Atlikęs bausmę, Mogiliovo arkivyskupo metropolito Vincento Kliučinskio 1910 m. lapkričio 26 d. potvarkiu kun. T. Matulionis buvo paskirtas tos pačios Šv. Kotrynos bažnyčios Sankt Peterburge vikaru, jam pavesta organizuoti naujos Švč. Jėzaus Širdies bažnyčios už Nevos vartų parapiją ir bažnyčios statybą. Dėl lėšų stygiaus Švč. Jėzaus Širdies bažnyčios statyba vyko sunkiai ir buvo baigta tik 1917 m. 1918 m. gegužės 18 d. arkivyskupas Eduardas von Roppas paskyrė kun. Teofilių Matulionį jos klebonu, kartu palikdamas ir Šv. Kotrynos bažnyčios vikaru bei pakėlė jį Mogiliovo vyskupijos katedros kapitulos garbės kanauninku.

Po 1917 m. Spalio perversmo į valdžią atėjus bolševikams, dvasininkų padėtis Rusijoje pradėjo tolydžio blogėti. Jau 1919 m. pavasarį arkiv. Eduardas von Roppas ir dauguma Petrogrado (dab. Sankt Peterburgo) kunigų buvo suimti. Buvo atliekamos  kratos, žmonės varomi iš bažnyčių ir areštuojami, kunigai terorizuojami, pradėtos uždarinėti bažnyčios. 1922 m. gruodžio 7 d. buvo uždaryta ir kun. T. Matulionio administruojama Švč. Jėzaus Širdies bažnyčia.

Švč. Jėzaus Širdies parapijos klebonas T. Matulionis 1922 m. Peterburgo m. tarybai parašė pareiškimą. Remdamasis Bažnyčios kanonų teise, kritikavo vietos valdžios tikintiesiems daromus suvaržymus: bažnyčių uždarinėjimą, reikalavimą klebonams pateikti valdžios cenzūrai sekmadienio pamokslų tekstą, draudimą jaunimą iki 18 metų mokyti tikėjimo pažinimo, reikalavimą parapijiečiams su valdžia pasirašyti naudojimosi bažnyčių pastatais sutartis. Tokį valdžios elgesį vadino tikinčiųjų sąžinėms taikoma prievarta, tikinčiųjų jausmų įžeidimu, keliančiu tarp žmonių sumaištį ir pareiškė, kad panašių reikalavimų tikintieji nevykdys.

Petrogrado katalikų kunigų priešinimasis ir nepaklusimas naujosios valdžios įgyvendinamai bažnytinei politikai greitai sulaukė pasekmių – 1923 m. kovo 25 d. kun. T. Matulioniui už „antisovietinę veiklą“ buvo skirta 3 m. laisvės atėmimo „be griežtos izoliacijos“ bausmė, kurią jis atliko Butyrkų ir Sokolnikų kalėjimuose Maskvoje.

Paleistas iš įkalinimo anksčiau laiko, 1925 m. vasario 25 d. kun. T. Matulionis grįžo į paskyrimo vietą – Švč. Jėzaus Širdies bažnyčią Leningrade (dab. Sankt Peterburgas). Kadangi dėl bolševikų vykdomos antibažnytinės politikos Rusijoje praktiškai buvo sugriauta hierarchinė Katalikų Bažnyčios struktūra, dauguma kunigų įkalinti arba deportuoti, kun. T. Matulioniui kartais tekdavo pasirūpinti net septyniomis miesto bažnyčiomis ir aptarnauti tolimas provincijas: Pskovą, Naugardą, vokiečių ir latvių kolonijas.

1928 m. gruodžio 8 d. popiežius Pijus XI kun. Teofiliui Matulioniui suteikė Matregos vyskupo titulą ir paskyrė Leningrado apaštalinio vikariato administratoriaus pagalbininku cum jure succesionis (su paveldėjimo teise). 1929 m. vasario 9 d. vysk. Antonijus Maleckis slapta, dalyvaujant tik dviem liudytojams: kun. Augustinui Pronckiečiui ir prancūzui vienuoliui kun. Mauricijui Amoudru, T. Matulionį konsekravo vyskupu.

Trečiojo dešimtmečio pabaigoje Sovietų Sąjungoje prasidėjusi nauja dvasininkų represijų banga palietė ir neseniai vyskupu konsekruotą Teofilių Matulionį. T. Matulionis 1929 m. lapkričio mėn. buvo suimtas ir įkalintas Leningrado kalėjime. Po beveik metus trukusio tardymo, nepavykus kunigo įkalbėti dirbti sovietų režimui, Jungtinės valstybinės politinės valdybos (OGPU) 1930 m. rugsėjo 13 d. sprendimu buvo nuteistas 10 m. laisvės atėmimo koncentracijos lageryje. Nuteistas vien už tai, kad buvo katalikų kunigas, nesutikęs daryti kompromisų su savo sąžine. Atlikti bausmę buvo išsiųstas į Anzero lagerį Solovkų salose Baltojoje jūroje, kuriame tuo metu kalėjo dauguma sovietų represuotų dvasininkų. Lageryje vyskupas T. Matulionis tapo neoficialiu daugiau nei 60-ies saloje kalinčių lotynų ir rytų apeigų katalikų kunigų bendruomenės lyderiu.

Lagerio administracija, baimindamasi solidaraus dvasininkų veikimo, vos sužinojusi apie tokios bendrijos egzistavimą, 1932 m. nusprendė ją sunaikinti. Aktyviausi jos nariai, tarp jų ir vysk. T. Matulionis, buvo apkaltinti sudarę „antisovietinę grupuotę, kuri vykdė antisovietinę agitaciją, slapta vykdė teologines ir religines apeigas, palaikė nelegalius ryšius su laisve tam, kad galėtų į užsienį perduoti šnipinėjimo pobūdžio duomenis apie katalikų padėti SSRS“. Už tai vysk. T. Matulioniui buvo paskirta papildoma vienerių metų bausmė baudžiamajame izoliatoriuje prie Ladogos ežero.

Tuo metu, kai vysk. T. Matulionis buvo teisiamas trečią kartą, tarp Lietuvos ir Sovietų Sąjungos diplomatų jau vyko derybos dėl galimybių išlaisvinti įkalintus lietuvių tautybės kunigus mainais į Lietuvos kalėjimuose kalinamus komunistus. Nors vysk. T. Matulionis buvo tvirtai pasiryžęs grįžti į paskyrimo vietą Rusijoje, tačiau pagal 1933 m. spalio 5 d. pasirašytą protokolą to paties mėnesio pabaigoje buvo grąžintas į Lietuvą su grupe Sovietų Sąjungoje kalintų asmenų (15 iš jų kunigai), mainais į 24 Lietuvos kalėjimuose kalintus komunistus.

Trumpai pailsėjęs Lietuvoje, vysk. T. Matulionis 1934 m. kovo mėn. išvyko į audienciją pas popiežių Pijų XI Romoje. Vėliau, atsižvelgdamas į lietuvių išeivių prašymą, nuvyko į JAV susitikti su lietuvių bendruomenėmis, aplankė Egiptą ir Šventąją žemę. 1936 m. sugrįžęs į Lietuvą apsigyveno prie seserų benediktinių vienuolyno Kaune. 1936–1943 m. ėjo Kauno Šv. Arkangelo Mykolo (Įgulos) bažnyčios rektoriaus pareigas, padėjo Kauno arkivyskupui Juozui Skvireckui pastoracijos darbuose, ėjo šios arkivyskupijos oficiolo, nuo 1940 m. balandžio 19 d. – ir Lietuvos kariuomenės vyriausiojo kapeliono pareigas, rūpinosi misijomis. Apie sovietų lageriuose patirtas kančias ir išgyvenimus viešai nekalbėjo – noriau dalydavosi įspūdžiais iš savo kelionių po JAV, Palestiną, kalbėdavo apie aktualias religinio gyvenimo problemas ar savo kasdienybę.

1940 m. vasarą Lietuvą okupavus Sovietų Sąjungai, santykiai su Vatikanu nutrūko, tačiau Lietuvos pilnai izoliuoti nuo Šv. Sosto nepavyko: vyskupai rasdavo būdų perduoti informaciją apie krašto politinį ir valstybinį gyvenimą, o Lietuvos katalikus žinios iš Romos pasiekdavo per Vatikano radiją, 1940 m. lapkritį pradėjusį transliuoti laidas lietuvių kalba.

Lietuvą 1941 m. okupavus Vokietijai, vyskupai tikėjosi, kad bus atkurti tiesioginiai diplomatiniai santykiai su Vatikanu, į Lietuvą vėl bus paskirtas apaštalinis nuncijus. Vengdami Vokietijos saugumo tarnybų Lietuvos vyskupai svarbius raštus Šv. Sostui perduodavo per patikimus asmenis.

1941 m. rugpjūtį vysk. T. Matulionis parašė laišką popiežiui Pijui XII, kuriuo prašė leidimo grįžti į Rusiją kartu su kitais Lietuvoje gyvenančiais ir anksčiau Rusijoje  dirbusiais kunigais. Vyskupo prašymui Vatikane buvo pritarta, jam suteiktas leidimas vykti į tas sritis, kurios iki 1939 m. rugsėjo priklausė SSRS. Tačiau Vokietijos okupacinė valdžia nenorėjo į okupuotas Baltarusijos ir Rusijos sritis įsileisti nei lenkų, nei lietuvių ar latvių katalikų kunigų, todėl, nepaisant vysk. T. Matulionio pastangų, jam taip ir nepavyko gauti oficialaus Vokietijos valdžios pritarimo ir leidimo organizuoti misijas, ir į visus savo prašymus sulaukdavo neigiamų atsakymų. Kita vertus, Vokietijos okupacijos metais šalies religinis ir bažnytinis gyvenimas pradėjo normalizuotis: vyskupai vizitavo parapijas, rinkdavosi į konferencijas, stebėjo, kad kunigai bažnyčiose aiškintų katalikybės doktriną, katekizuotų vaikus ir mokytų tikybos vidurinėse bei pradžios mokyklose.

Nepaisant to, kad Vatikanas, atsisakydamas paklusti spaudimui Vokietijos okupuotose šalyse skirti ordinarus, suderinus kandidatūras su Reicho kanceliarija, iki pat 1945 m. neskyrė vyskupų vietoje kai kurių mirusių karo metais vyskupų. Lietuvoje karo metais Vatikanas paskyrė du ordinarus. Vienas iš jų buvo vysk. T. Matulionis, 1943 m. sausio 9 d. paskirtas Kaišiadorių vyskupu vietoje 1942 m. mirusio vyskupo Juozapo Kuktos. Iškilmingas vyskupo ingresas įvyko Kaišiadorių katedroje 1943 m. gegužės 21 d.

Užėjus antrajai sovietinei okupacijai vysk. T. Matulionis atnaujino pastangas rūpintis Rusijoje gyvenančių katalikų sielovada. Jau 1944 m. lapkričio 18 d. jis kreipėsi į Religinių kultų reikalų tarybos prie SSRS Ministrų tarybos Įgaliotinį prie Lietuvos SSR Ministrų Tarybos prašydamas padėti pasiųsti į Leningradą keletą kunigų iš Lietuvos, kurie galėtų aptarnauti ten gyvenančius katalikus. Atsakymas, kaip ir reikėjo tikėtis, buvo neigiamas. Galimai dėl to, kad vysk. T. Matulionis jau figūravo agentūrinėje byloje „Vatikan“, kurią vedė SSRS valstybės saugumo liaudies komisariato (NKGB) Leningrado srities valdyba, kuri į Lietuvą 1945 m. birželio mėn. komandiravo agentą „Vichr“. Pastarasis turėjo išsiaiškinti Katalikų bažnyčios planus plečiant savo veiklą Leningrado ir kitose SSRS srityse bei rinkti duomenis apie dvasininkus, Vatikano tariamai atsiųstus į SSRS „žvalgybinei ir misionieriškai veiklai“. Ypatingai buvo domimasi gausia vyskupo korespondencija – susirašinėjimu su Vatikanu bei dvasininkais, tarp jų ir represuotais, tiek Lietuvoje, tiek už Sovietų Sąjungos ribų bei artimai su vyskupu bendraujančiais asmenimis.

Sovietams 1944 m. reokupuojant Lietuvą, vysk. T. Matulionis greičiausia nujautė jam pačiam bei visiems dvasininkams gresiantį pavojų. Tačiau, būdamas tvirtai įsitikinęs, kad ganytojas turi bet kokiomis sąlygomis pasilikti su jam pavesta tikinčiųjų bendruomene, apsisprendė pasilikti ir visiems savo diecezijos kunigams uždraudė be specialaus leidimo pasišalinti iš Kaišiadorių vyskupijos teritorijos. Be kompromisų gindamas Bažnyčios teises nuo sovietų valdžios pretenzijų ją užvaldyti ir kontroliuoti, greitai tapo valdžios itin nemėgstamu ir atidžiai stebimu dvasininku. Remdamasis sovietiniais įstatymais, grindžiančiais jo pozicijos teisingumą net sovietinės sistemos rėmuose, vysk. T. Matulionis protestavo prieš prievartinį mokinių įrašymą į ateistines pionierių ir komjaunimo organizacijas bei tikėjimo laisvės suvaržymus, reikalavo gerbti Bažnyčios teises, pripažinti minimumą pagrindinių teisių Bažnyčiai ir neversti jos remti valdžios politikos. Vyskupo iniciatyva kunigai rašė prašymus Švietimo ministerijai leisti dėstyti tikybą mokyklose, patys mokė vaikus bažnyčiose. Kunigus vyskupas, savo ruožtu, įspėjo vengti ryšių su antisovietinio pogrindžio struktūromis, draudė bažnyčiose ir joms priklausiusiuose pastatuose slėpti pogrindžio amuniciją ar dokumentus, pamoksluose kalbėti apie politiką ir su ja susijusius dalykus, skelbti sovietų valdžios įsakymus dėl prievolių vykdymo ir pan.

Vysk. Teofiliaus Matulionio veikla Rusijoje ir Lietuvoje, pasiryžimas be kompromisų ginti Bažnyčios teises ir neleisti paversti jos sovietų valdžios įrankiu, atsisakymas paklusti ir vykdyti sovietų valdžios įsakymus dėl Katalikų bažnyčios hierarchijos ir organizacinių reikalų, kuriems buvo reikalingas Vatikano sprendimas lėmė tai, kad sovietų valdžiai toks nesukalbamas vyskupas tapo itin neparankus ir nepageidaujamas.

Lietuvos SSR valstybės saugumo ministerijos (MGB) 1946 m. gruodžio 18 d. trečią kartą suimtas vyskupas T. Matulionis buvo įkalintas LSSR MGB vidaus kalėjime Vilniaus m. Ypatingojo pasitarimo prie SSRS MGB 1947 m. rugsėjo 27 d. nutarimu vysk. T. Matulionis už „antisovietinio nacionalistinio būrio dalyvių rėmimą ir antisovietinę agitaciją“ nuteistas 7 m. laisvės atėmimo kalėjime.

Atlikti bausmę vysk. T. Matulionis turėjo SSRS vidaus reikalų ministerijos (MVD) ypatingajame Vladimiro kalėjime, tačiau pakeliui į įkalinimo vietą – Oršoje, kalinių persiuntimo punkte – susirgo ir nuo 1947 m. lapkričio mėn. pabaigos iki 1948 m. balandžio mėn. pabaigos buvo gydomas ligoninėje. 1948 m. balandžio 25 d. vyskupas kartu su kitais kaliniais buvo išvežtas į Vladimiro kalėjimą, kuriame tuo metu tarp pustrečio tūkstančio kalinių buvo kalinama ir daugiau nei keturiasdešimt lietuvių. Tarp jų – arkivyskupas Mečislovas Reinys, kun. Vladas Mironas, kun. Janulaitis, prelatas J. Laukaitis ir kiti dvasininkai, nepaklusę sovietų režimui.

Vyskupo septynerių metų bausmės laikas baigėsi 1953 m. gruodžio mėn., tačiau į Lietuvą grįžti jam nebuvo leista – 1954 m. gegužės 28 d. jis pervežtas į Zubovo-Polianos invalidų namus Potmoje, Mordovijos ASSR. Tai buvo neseniai pradėti kurti „ypatingos paskirties namai“, kuriuos sudarė keturi mediniai barakai, juose gyveno 98 invalidai, tarp jų buvo 7 lietuviai. Invalidų namų gyventojai buvo išlaikomi valstybės, galėjo laisvai susirašinėti. Naudodamasis šia teise vysk. T. Matulionis susirašinėju su daugeliu kunigų, giminėmis ir buvo gerai informuotas apie Bažnyčios padėtį Lietuvoje, represuotus, įkalinimo vietose mirusius ir į Lietuvą grįžusius kunigus. Kiek galėdamas rūpinosi Kaišiadorių vyskupijos reikalais ir kunigais: sugrįžusiam iš lagerių kunigui J. Čaplikui suteikė garbės kanauninko titulą, aukojo mišias už mirusius vyskupijos kunigus. Ir pats vylėsi sugrįžti į Tėvynę – ypač 1955 m. antrojoje pusėje pradėjus vis daugiau kalinių paleisti iš kalėjimų. Sovietų valdžia vyskupo grįžimo į Lietuvą nepageidavo, tad tik po atkaklių paties vyskupo bei artimųjų prašymų leisti grįžti į Lietuvą, jis 1956 m. gegužės 4 d. atgavo laisvę.

Lietuvos Katalikų bažnyčios valdymas po karo buvo gerokai nutolęs nuo kanonų teisės, jį siekė kontroliuoti sovietų valdžios ir saugumo pareigūnai, o pirmiausiai Religinių kultų reikalų tarybos prie SSRS Ministrų tarybos Įgaliotinis prie Lietuvos SSR Ministrų (RKRT), kuriuo dirbo Bronius Pušinis, skatinęs susidorojimą su nelojaliais dvasininkais. Jis 1948–1949 m. įstengė radikaliai pakeisti Katalikų bažnyčios Lietuvoje struktūrą ir deformuoti kanoninį valdymą. Jo pastangomis buvo sujungtos vyskupijos, likviduoti visi katalikų vienuolynai, įgyvendinta bažnyčių ir kulto tarnautojų registracijos kampanija, leidusi visiškai kontroliuoti kunigų paskyrimus į pareigas, ir kt. Įgaliotinis grįžusius kunigus paprastai įregistruodavo kaip nuošalių parapijų altaristas, išlaikytinius, neturinčius bažnytinių pareigų parapijoje. Tokiais paskyrimais siekta juos išskirstyti po atokias provincijų parapijas ir taip apriboti jų ryšius, kontaktus su kitais dvasininkais bei palengvinti stebėjimą. Po 1948–1953 m. represijų bangos buvo sudaryta režimui labiau priimtina bažnytinė vadovybė. Tris vyskupijas – Kauno, Vilkaviškio ir Kaišiadorių – nuo 1948 m. valdė kanauninkas Juozapas Stankevičius, dvi – Vilniaus ir Panevėžio – vyskupas Kazimieras Paltarokas. Tik Telšių vyskupijos statusas nebuvo radikaliai pasikeitęs, bet ir ją valdė ne ordinaras, o apaštalinis administratorius Petras Maželis, 1955 m. tapęs vyskupu. Praslinkus pokario represijoms ir 1947 m. mirus Vilkaviškio vyskupui Antanui Karosui, Lietuvoje buvo likęs tik vienas vyskupas K. Paltarokas, kuris buvo jau senyvo amžiaus.

Nors valdžios akyse visi iš įkalinimo vietų grįžtantys asmenys buvo režimo priešai, RKRT įgaliotinis B. Pušinis į vyskupo T. Matulionio grįžimą žiūrėjo atlaidžiau – tikėjosi, kad būdamas beveik 80 metų amžiaus ir invalidas, jis ramiai nugyvens savo amžių kur nors Lietuvos užkampyje (tam buvo numatęs Paštuvos parapiją, kurioje savo dienas baigė iš lagerio grįžęs kunigas Juozas Vailokaitis). Tačiau įgaliotinio lūkesčiams nebuvo lemta išsipildyti.

Į Lietuvą 1956 m. pavasarį grįžusiam vysk. T. Matulioniui buvo neleista eiti vyskupo pareigų ir net gyventi Kaišiadoryse. Užregistruotas Birštono bažnyčios altarista vysk. T. Matulionis gavo leidimą apsigyventi Birštono m. pas bičiulį ir pagalbininką kleboną Joną Jonį. Tačiau ir tokiomis sąlygomis nesiliovė gynęs Katalikų Bažnyčios ir tikinčiųjų teises. Protestuodamas prieš Kaišiadorių vyskupijos prijungimą prie Kauno vyskupijos jis ėmė savarankiškai skirti į Kaišiadorių vyskupijos parapijas kunigus, 11-ai jų suteikė garbės kanauninko titulą ir papildė Kaišiadorių vyskupijos katedros kapitulą, asmeniškai lankydavo vyskupijos bažnyčias bei kunigus. 1957 m. rugsėjį ėmėsi priemonių blokuoti valdžios ir saugumo pareigūnų kišimąsi į Kauno dvasinės seminarijos veiklą, tų pačių metų lapkričio mėn. atleido kanauninką Juozapą Stankevičių iš Kaišiadorių vyskupijos valdytojo pareigų, pakeitė vyskupijos kurijos kanclerį, nuolat ragino kunigus atkakliau kovoti už Bažnyčios teises. Atleidęs kan. J. Stankevičių, pats  perėmė vyskupijos valdymą ir griežtai užprotestavo prieš planus Kaišiadorių vyskupiją prijungti prie Kauno arkivyskupijos.  Be abejo, sovietų režimas vyskupo veiksmus vertino kaip neteisėtą kišimąsi į griežtai reguliuojamą Bažnyčios gyvenimą. Vysk. T. Matulionio paskyrimai bei įsakymai dėl Kaišiadorių vyskupijos valdymo buvo ignoruojami, jis pats – „auklėjamas“ ir gąsdinamas įvairiomis sankcijomis, jei nepaklus sovietų valdžios vykdomai bažnytinei politikai.

Būdamas garbaus amžiaus ir negalėdamas ne tik gyventi, bet ir netrukdomas valdyti vyskupijos, vysk. T. Matulionis galvojo apie padėjėją ir savo įpėdinį. Tačiau vyskupo pasirinktos trys kandidatūros RKRT įgaliotiniui buvo nepriimtinos. Laiško popiežiui, kad gautų pritarimą, išsiųsti neleido. Nematydamas kitos išeities, vyskupas sugebėjo nelegaliai susisiekti su Šv. Sostu ir gauti pritarimą kunigo, kuris turėjo tapti jo įpėdiniu Kaišiadorių vyskupijoje – Vincento Sladkevičiaus – pašventinimui į vyskupus. RKRT įgaliotiniui J. Rugieniui nurodžius, kad paskyrimas neturi būti vykdomas, vysk. T. Matulionis 1957 m. gruodžio 25 d. slaptai, dalyvaujant kan. Jonui Joniui ir kan. J. Andrikoniui, V. Sladkevičių pašventino į vyskupus.

Tokia vyskupo elgsena buvo tikras akibrokštas režimo pareigūnams ir kėlė grėsmę suardyti RKRT įgaliotinio sustyguotą Lietuvos katalikų bažnyčios valdymą. Tad režimas netruko imtis represijų: Birštono klebonas ir vysk. T. Matulionio bičiulis Jonas Jonys jau kitą dieną po kun. V. Sladkevičiaus konsekravimo buvo apieškotas ir suimtas dėl parašytos „antisovietinės“ knygos „Laikykis įsakymų!“. Vysk. T. Matulionis terorizuojamas kratomis ir apklausomis, grasinimais iškraustyti iš buto. Buvo svarstomas netgi jo ištrėmimo už LSSR ribų klausimas. Vis dėlto, atsižvelgus į vyskupo amžių ir galimą itin neigiamą visuomenės reakciją, pasirinktas švelnesnis variantas – jis nušalintas nuo visų pareigų ir paskirtas Šeduvos bažnyčios altarista. Vysk. T. Matulionis, motyvuodamas tuo, kad kunigus į pareigas skiria ne pasaulietinė, bet bažnytinė valdžia ir, išskyrus popiežių, niekas neturi teisės vyskupo skirti jokioms pareigoms, 1958 m. rugpjūčio 5 d. išduotą registracijos pažymėjimą grąžino bei atsisakė vykti į Šeduvą kaip altarista. Nebent kaip tremtinys, jei gautų raštišką įsakymą, tačiau ir tuomet neprarastų vyskupo teisių bei pareigų. Vyskupui nesutikus savo noru išvykti iš Birštono, 1958 m. spalio mėnesio viduryje jis prievarta, lydimas saugumo darbuotojų buvo išvežtas į Šeduvą.

Negalėdamas valdyti Kaišiadorių vyskupijos ir valdžiai nesutinkant, kad ją valdytų apaštalinis administratorius, neseniai konsekruotas vysk. V. Sladkevičius, vysk. T. Matulionis 1959 m. vasario mėn. perdavė vyskupijos valdymą Kapitulai.

1960 m. gegužės 31 d. vysk. T. Matulioniui suteiktas Apaštalų Sosto Vyskupo titulas; 1962 m. vasario 9 d. popiežius Jonas XXIII „už pagirtiną tvirtumą einant gerojo ganytojo pareigas“ suteikė asmeninį arkivyskupo titulą.

Prižiūrimas ir stebimas saugumo arkiv. T. Matulionis specialiai įrengtame – pasiklausymo technika aprūpintame - bute Šeduvoje gyveno iki savo mirties 1962 m. rugpjūčio mėn. 20 d. Mirė praėjus keletui dienų po paskutinės saugumo darbuotojų kratos jo bute. Palaidotas Kaišiadorių Kristaus Atsimainymo katedros kriptoje šalia vyskupo Juozapo Kuktos. Net ir paskutinė arkivyskupo Teofiliaus Matulionio kelionė buvo valdžios prižiūrima ir kontroliuojama. Vysk. Juozo Labuko liudijimu, valdžia rūpinosi arkivyskupą kuo greičiau palaidoti. Į Kaišiadoris buvo įsakyta vežti be jokių iškilmių, pakeliui niekur nestojant ir neskambinant varpais; kunigams buvo uždrausta skelbti apie laidotuves iš sakyklų, pamokslus leista sakyti tik RKRT įgaliotinio parinktiems kunigams. Sovietinė spauda apie Kaišiadorių arkivyskupo mirtį nutylėjo.

Siekiant arkivyskupą Teofilių Matulionį pripažinti Bažnyčios kankiniu ir palaimintuoju, prelato St. Kiškio iniciatyva 1989 m. pradėta jo beatifikacijos byla. 1990 m. jam suteiktas Dievo tarno titulas, 2008 m. užbaigtos beatifikacijos bylos dokumentai buvo įteikti Šventųjų skelbimo kongregacijai Romoje. 2016 m. gruodžio 1 d. popiežius Pranciškus įgaliojo Šventųjų skelbimo kongregaciją paskelbti dekretą, pripažįstantį Dievo tarno arkivyskupo Teofiliaus Matulionio kankinystę, taip atverdamas kelią paskelbti jį palaimintuoju. Kaip katalikų kunigas, nukentėjęs nuo sovietinės valdžios represijų, arkivyskupas Teofilius Matulionis įrašytas į SSRS Katalikų Bažnyčios martyrologą, 2003 m. apdovanotas Žūvančiųjų gelbėjimo kryžiumi (po mirties), 2006 m. Vyčio Kryžiaus ordinu (po mirties).

Lietuvos vyskupų konferencija 2017-uosius metus paskelbė Arkivyskupo Teofiliaus Matulionio metais. 2017 m. birželio 25 dieną bus iškilmingai švenčiamos Dievo Tarno – arkivyskupo Teofiliaus Matulionio, savo gyvenimu kukliai, tačiau nuosekliai ir neįtikėtinai tvirtai liudijusio ištikimybę Dievui ir žmonėms – skelbimo palaimintuoju iškilmės.

PANAUDOTA LITERATŪRA

GAIDA Pranas, Nemarus mirtingasis. Arkivyskupas Teofilius Matulionis, Lietuvos katalikų mokslo akademija, Roma, 1981.

Prel. KIŠKIS Stanislovas, Arkivyskupas Teofilius Matulionis 1873-1962, Kaišiadorių vyskupijos kurijos leidykla, 1996.

LAUKAITYTĖ Regina, Represijas išgyvenusių dvasininkų padėtis sovietinėje Lietuvoje, Istorija. Mokslo darbai. 94 tomas. 2014.

Prieiga per internetą http://www.istorijoszurnalas.lt/index.php?option=com_content&id=542

LAUKAITYTĖ Regina, Lietuvos ordinariato ryšiai su Vatikanu 1941-1944 m., Lietuvos istorijos metraštis. 2004 metai, 1. Vilnius, 2005, l. 127–143.

PETRAITIENĖ Irena, Arkiv. Teofilius Matulionis: po tremties, 2013. Prieiga per internetą http://www.bernardinai.lt/straipsnis/2013-12-09-irena-petraitiene-arkiv-teofilius-matulionis-po-tremties/111193

PETRAITIENĖ Irena, Arkivyskupas Teofilius Matulionis: Rusijos revoliucijos akivaizdoje, 2017. Prieiga per internetą http://www.teofilius.lt/biografiniai-straipsniai/arkivyskupas-teofilius-matulionis-rusijos-revoliucijos-akivaizdoje#.WNi89OS1sdU 

PETRAITIENĖ Irena, Arkivyskupas Teofilius Matulionis: Maskvoje – parodomajame arkiv. J. Ciepliako ir kunigų teisme, 2017. Prieiga per internetą http://www.teofilius.lt/biografiniai-straipsniai/arkiv-teofilius-matulionis-5-maskvoje-parodomajame-arkiv-j-ciepliako-ir-kunigu-teisme#.WNi9p-S1sdU

PETRAITIENĖ Irena, Arkivyskupas Teofilius Matulionis: Vyskupas „in partibus infidelium“, 2017. Prieiga per internetą http://www.teofilius.lt/biografiniai-straipsniai/arkivyskupas-teofilius-matulionis-6-vyskupas-in-partibus-infidelium#.WNi-GuS1sdU 

PETRAITIENĖ Irena, Arkivyskupas Teofilius Matulionis: „Mes turėjome Tėvą“, 2017. Prieiga per internetą http://www.teofilius.lt/biografiniai-straipsniai/arkivyskupas-teofilius-matulionis-xii-mes-turejome-teva#.WNi-kuS1sdU

STREIKUS Arūnas, Sovietų valdžios antibažnytinė politika (1953-1967), Lietuvos gyventojų genocido ir rezistencijos centras, 2004. Prieiga per internetą http://genocid.lt/Leidyba/1/arunas.htm

STREIKUS Arūnas, Vysk. Teofilius Matulionis – Bažnyčios karys ir kankinys, Lietuvos katalikų mokslo akademijos metraštis, t. 37, Vilnius, 2013. Prieiga per internetą http://www.lkma.lt/site/archive/metrastis/t.%2037/LKMA%20Metrastis%2037.pdf

ŠVILPA Jonas, Vatikanas – Kaunas – Maskva: apsikeitimas politiniais kaliniais (1933 ir 1935 m.), Istorija. Mokslo darbai. T. 67. Prieiga per internetą http://www.istorijoszurnalas.lt/index.php?option=com_content&view=article&id=76&Itemid=82

ZAJANČKAUSKIENĖ Roma, Nerono laikų dvasia Rusijoje: in memoriam arkiv. T. Matulioniui, 2012. Prieiga per internetą http://www.bernardinai.lt/straipsnis/2012-09-26-roma-zajanckauskiene-nerono-laiku-dvasia-rusijoje-in-memoriam-arkiv-t-matulioniui/88381