Naujausia Lietuvoje yra Vilniaus kenesa (Liubarto g. 6, Žvėrynas). Jos statyba pagal architekto Michailo Prozorovo (jis taip pat vadovavo Trakų kenesos restauravimo darbams!) projektą buvo pradėta 1911 m. Tai turėjo būti mūrinis maurų stiliaus statinys, panašus į Kijevo kenesą. Tų pačių metų spalio 30 d. buvo pašventintas kertinis akmuo, o į kenesos fasadą įsiremianti Vilniaus Žvėryno gatvė buvo pavadinta Karaimų gatve (nuo 2016 m. šalia gatvės pavadinimo lietuvių kalba skelbiamas ir užrašas karaimų kalba – Karaj oramy). Kenesos statyba vyko gana sparčiai, po dviejų metų iškilo sienos ir buvo uždengtas stogas. Tačiau dėl lėšų stokos ir prasidėjusio Pirmojo pasaulinio karo statybos darbai nutrūko. Jie atnaujinti 1921 m. Kenesa buvo pašventinta 1923 m. rugsėjo 9 dieną. Ceremoniją atliko tuo metu Vilniaus karaimų religinės bendruomenės vyresniojo dvasininko pareigas ėjęs Feliksas Maleckis. Tais pačiais metais šalia kenesos buvo pastatyti bendruomenės namai, kuriuose rinkdavosi jaunimas, vykdavo paskaitos, susirinkimai, veikė religinė mokykla, gyveno dvasininkas. Jų statybą finansavo broliai Romualdas ir Juzefas Lopatos.

1949 m.  Vilniaus kenesa buvo uždaryta ir 200 karaimų neteko savo maldos namų. 1989 m. rugsėjo 23 d. ji grąžinta karaimų bendruomenei ir 1993 m. spalio 14 d. atšventinta. Šiuo metu ji yra veikianti. Taigi šiuo metu Lietuvoje veikia dvi karaimų kenesos – Trakuose ir Vilniuje.

Karaimų kenesų pastatų dar yra išlikę Kryme ir Ukrainos miestuose – Simferopolyje, Bachčisarajuje, Odesoje, Kijeve. Pati didžiausia kenesa, turėjusi katedros paskirtį, yra išlikusi Eupatorijoje.