Elena Spirgevičiūtė gimė 1924 m. gruodžio 22 d. tarnautojų Stasio (1897–1945) ir Elenos (1902–1986) Spirgevičių šeimoje. 1928 m. S. Spirgevičius nusipirko žemės sklypą Kaune, Tvirtovės alėjoje ir neilgai trukus šeima įsikūrė naujai pastatytuose namuose. 1931 m. E. Spirgevičiūtė pradėjo lankyti Kauno pradžios mokyklą, vėliau mokslus tęsė Kauno Šv. Kazimiero seserų kongregacijos mergaičių gimnazijoje. 1938 m. Elena įstojo į Lietuvos skautų sąjungą. 1940 m. perėjo mokytis į Kauno 8-ąją gimnaziją, kurią baigė 1943 m. Po gimnazijos baigimo E. Spirgevičiūtė norėjo stoti į Vytauto Didžiojo universiteto Medicinos fakultetą ir tapti vaikų gydytoja, tačiau Vokietijos okupacinė valdžia universitetą uždarė. Elena, norėdama dirbti su vaikais, pradėjo lankyti mokytojų kursus, kad vėliau galėtų dirbti pradinių klasių mokytoja. Baigusi kursus ji buvo paskirta mokytojauti į Jonavos valsčiaus Skarulių pradžios mokyklą, tačiau dėl karo suirutės į paskyrimo vietą neišvyko.
1944 m. sausio 3 d., apie 22 val. į Spirgevičių šeimos namų Kaune, Tvirtovės al. 91, kiemo vartelius pasibeldė keturi vyrai ir, prisistatę policininkais, pareikalavo įsileisti. Stasys Spirgevičius grįžo į namus paimti vartelių rakto, perspėjo šeimą, kad atėjo policija ir išėjo jų įleisti. Namuose tuo metu buvo mama Elena Spirgevičienė, neseniai 19-ojo gimtadienio sulaukusi Elena Spirgevičiūtė, trylikametė Sabina Spirgevičiūtė, septynerių metų sūnus Česlovas Spirgevičius ir E. Spirgevičienės pažįstama mergaitė Kazė Kadzevičiūtė. Baimindamasi, kad neseniai gimnazijos VIII klasę baigusi ir niekur nedirbusi duktė Elena nebūtų paimta ir išvežta darbams į Vokietiją, mama jai liepė slėptis. Tačiau į kiemą išbėgusi Elena pasislėpti nebespėjo – nieko blogo neįtaręs S. Spirgevičius jau buvo atrakinęs kiemo vartelius. Į kambarį įsibrovę keturi ginkluoti, civiliais drabužiais vilkintys vyrai S. Spirgevičiui liepė iš kiemo atvesti lojantį šunį, o visą šeimą susodino viename kambaryje. Išgirdusi triukšmą atbėgo netoliese gyvenusi Elenos Spirgevičienės sesuo Stasė Žukaitė. Ją užpuolikai pasodino kambaryje prie kitų. Suradę virtuvėje degtinės, užpuolikai ją atsinešė į kambarį ir pareikalavo užkandžių – patys gėrė ir liepė gerti vyresniems Spirgevičių šeimos nariams. Elena, sesers Sabinos liudijimu, negėrė – „kadangi ji iš viso niekuomet degtinės negerdavo“. Vienam iš užpuolikų paprašius atnešti svogūnų, tai padaryti pasisiūlė Stasė Žukaitė. Ji gyveno atskirame, apie 15-20 m nuo Spirgevičių namo nutolusiame namelyje, ir tikriausiai ketino kviestis pagalbos. Tačiau jos vienos į lauką neišleido, ją išlydėjo vienas iš rusiškai kalbančių užpuolikų, kitų vadintas „Jurka“. Ištaikiusi progą S. Žukaitė mėgino pabėgti, deja, nesėkmingai. Ją išdavė skambutis – savotiška signalizacija – pasigirsdavęs Spirgevičių namuose atidarius S. Žukaitės namelio duris. Išgirdę skambutį į kiemą išbėgo kiti du rusakalbiai užpuolikai – „Miška“ ir „Griška“, namuose palikę automatu ginkluotą lietuvį saugoti likusių šeimos narių. Kieme netrukus pasigirdo du šūviai. Stasė Žukaitė nebegrįžo – jos kūnas su dviem šautinėmis žaizdomis vėliau buvo rastas kaimyno, turėjusio telefoną, kieme.
Sugrįžę į namus užpuolikai išėjo į gretimą kambarį ir netrukus ten pakvietė Eleną Spirgevičiūtę. Prieš tai su ja kieme kalbėjosi lietuviškai kalbantis užpuolikas. Po pokalbio į namus grįžusi E. Spirgevičiūtė į tėvo klausimą kas tas vaikinas ir ko iš jos norėjo, atsakė klausimu: „ar nežinai tėveli ko vyras nori nuo moters“. Elenai nuėjus pas užpuolikus į gretimą kambarį, iš jo išėjęs vienas jų – „Griška“ – iš pradžių pagrasino visus nušauti: pradėjo dėti į pistoletą kulkas, vardindamas, kuri kulka kuriam žmogui skirta ir liepė visiems melstis. „Pamatęs kad mes labai išsigandę pasakė, kad kol kas jis mūsų dar nešaudys“ ir išėjo atgal į gretimą kambarį. Tačiau netrukus grįžo. Pasakęs, kad padegs eglutę, kuri stovėjo kambaryje nuo Kalėdų švenčių „ir mes drauge su ja visi sudegsime“, uždegė ant eglutės kabėjusias žvakutes. Joms pradėjus degti užgesino ir vėl išėjo. Iš gretimo kambario tuo metu grįžusi Elena tepasakė „mama, aš noriu mirti <...> „Miška“ jai du kartus dėjo pistoletą prie galvos ir norėjo ją nušauti, bet ji su jo reikalavimais nesutiko ir jo neišsigando“.
Elenai sugrįžus į kambarį pas šeimos narius, jiems buvo liepta išeiti į koridorių, kur stovėjo spinta su drabužiais – ten užpuolikai į maišus jau krovė patikusius daiktus ir drabužius. Jiems susidėjus daiktus, visi, išskyrus Eleną ir keturis užpuolikus, grįžo atgal į kambarį. Elena į kambarį atėjo gal už 15 minučių, iš eilės peržegnojo ten buvusius šeimos narius. Į klausimą ar visi mirs ji atsakė: „ne, jūs gyvensite“. Tuo metu ją iš galinio kambario pašaukė lietuviškai kalbėjęs užpuolikas. Elenai pas juos nuėjus, netrukus pasigirdo šūvis. Į kambarį įbėgo „Griška“ – kiti laukė tarpduryje su maišais ant pečių – kišdamas kiekvienam prie veido granatą, liepė paskui juos neiti, kaip jie atrodo ir ką veikė niekam nepasakoti, kitaip grįžęs visus nužudys.
Užpuolikams išėjus, mamos šaukiama Elena neatsiliepė. Ją namiškiai surado namo galiniame kambaryje, iš kurio pasigirdo šūvis: kūnas gulėjo skersai lovos, dešiniojo skruosto srityje matėsi šautinė žaizda.
Elena Spirgevičiūtė ir Stasė Žukaitė 1944 m. sausio 6 d. buvo pašarvotos Kauno Šv. Antano Paduviečio bažnyčioje, palaidotos Kauno senosiose kapinėse (dabar – Ramybės parkas). Laidotuvėms vadovavo Šv. Antano Paduviečio parapijos klebonas kanauninkas Juozas Želvys ir gimnazijos, kurioje mokėsi Elena, kapelionas kunigas Alfonsas Grauslys. Sovietų valdžiai 1957 m. likvidavus kapines, palaikai buvo perkelti į Kauno Eigulių kapines.
Pirmojo užpuoliko asmenybė paaiškėjo praėjus vos trims savaitėms nuo žudynių. 1944 m. sausio pabaigoje policija apsupo Kaune, Siūlų g. gyvenusių Čeponių namą. Susišaudymo metu nusišovė name buvęs vyras. Tuo metu atsitiktinai pro šalį ėjęs Stasys Spirgevičius pamatė išnešamą kūną ir atpažino savo kelnes, kurias mūvėjo žuvusysis. Kelnės, kartu su kitais drabužiais, buvo pagrobtos 1944 m. sausio 3 d. naktį. Atpažino ir žuvusįjį – vieną iš keturių užpuolikų – lietuviškai kalbėjusį užpuoliką. Kitą dieną į policijos nuovadą nuvežti Stasys ir Elena Spirgevičiai pagal pateiktas nuotraukas atpažino jų užpuolime dalyvavusį asmenį. Pasak policininkų, tai buvo sovietinis partizanas Alfonsas Čeponis. Dar po kurio laiko Spirgevičiai policijoje atsiėmė ir dalį 1944 m. sausio 3 d. pagrobtų drabužių bei daiktų.
Likusiųjų nusikaltėlių išaiškinimo teko laukti beveik 15 metų. 1958 m. liepos mėn. laikraštyje „Kauno tiesa“ paskelbus SSRS Aukščiausiosios Tarybos Prezidiumo 1958 m. liepos 1 d. įsaką dėl Sovietų Sąjungos didvyrio vardo suteikimo Alfonsui Čeponiui, į Lietuvos komunistų partijos Kauno miesto komitetą kreipėsi Elena Spirgevičienė-Kilčiauskienė. Primindama A. Čeponio dalyvavimo 1944 m. sausio 3 d. įvykiuose faktą, iškėlė klausimą, ar jis vertas suteikto vardo. Tačiau, kaip teigiama vėlesniame jos pareiškime Sovietų Sąjungos komunistų partijos centro komitetui, iš jos buvo tiesiog pasityčiota, „net nedavė jokio atsakymo į mano pareiškimą, tik atvykę pareiškė, kad mumis netiki ir nėra liudininkų, kurie galėtų įrodyti buvus tokį įvykį“. 1958 m. atlikto tyrimo išvada sutilpo į vieną sakinį – „pranešame, kad pilietės Spirgevičienės pareiškime išdėstyti faktai nepasitvirtino“.
Spirgevičių šeima, sulaukusi formalaus neigiamo atsakymo, rankų nenuleido ir 1959 m. birželio mėn. kreipėsi į aukščiausią instanciją – Sovietų Sąjungos komunistų partijos centro komitetą. Tyrimas buvo atnaujintas, E. Spirgevičienės pareiškime išdėstytus faktus nurodyta ištirti, kadangi „visas pranešimas kvepia šmeižikiška provokacija prieš tarybinius partizanus“ ir „išaiškinti tikruosius mergaičių žudikus“. Lietuvos komunistų partijos centro komiteto biuro 1959 m. liepos 19 d. sprendimu buvo sudaryta komisija, kuriai buvo pavesta „patikrinti Spirgevičienės-Kilčiauskienės ir kt. pareiškimą“. Komisijos nariais buvo paskirti Valstybės saugumo komiteto (KGB) prie Lietuvos SSR Ministrų Tarybos pirmininkas Kazimieras Liaudis, Lietuvos SSR prokuroras Viktoras Galinaitis, Lietuvos komunistų partijos Kauno miesto komiteto pirmasis sekretorius Jonas Mikalauskas, Lietuvos Lenino komunistinio jaunimo sąjungos centro komiteto pirmasis sekretorius Algirdas Ferensas, KGB prie Lietuvos SSR Ministrų Tarybos Tardymo skyriaus tardytojai Vytautas Miknevičius ir Stasys Maslauskas.
Pagrindinis komisijos tyrimo tikslas nebuvo bandymas, praėjus daugeliui metų, objektyviai ištirti 1944 m. sausio 3 d. įvykius ir nustatyti tikruosius nusikaltėlius. Komisijai kur kas svarbiau buvo surinkti įrodymus, paneigiančius E. Spirgevičienės-Kilčiauskienės pareiškime nurodytus faktus, apsaugoti A. Čeponio, kaip herojiškai žuvusio sovietinio didvyrio, vardą ir kitų sovietinių partizanų reputaciją. Dar 1959 m. rugsėjo 15 d. KGB prie Lietuvos SSR Ministrų Tarybos Tardymo skyriaus pažymoje konstatuota, kad Elena Spirgevičienė-Kilčiauskienė pareiškimus rašė tik siekdama atgauti nužudytos dukters Elenos Spirgevičiūtės dienoraštį, konfiskuotą 1949 m. Lietuvos SSR valstybės saugumo ministerijos (MGB) tardytojui atliekant kratą jos namuose bei gauti pensiją už nužudytą dukterį.
Tyrimo, trukusio kelis mėnesius, metu komisija apklausė daugiau kaip 100 asmenų, susijusių su 1944 m. sausio 3 d. įvykiais bei Kauno aps. veikusiais sovietinių partizanų būriais ir padarė išvadą, kas buvo tikrieji žudikai. KGB prie Lietuvos SSR Ministrų Tarybos 1959 m. spalio 20 d. rašte Lietuvos komunistų partijos centro komitetui rašoma: „reikia laikyti nustatytu [faktu], kad [Stasę] Žukaitę ir [Eleną] Spirgevičiūtę nužudė sovietiniai partizanai Lukjanovas, Cibizovas, „Griška“, dalyvaujant Čeponiui. Tiesioginis vykdytojas buvo „Griška“. Komisija kartu surinko ir eilę nusikaltime dalyvavusius asmenis teisinančių faktų, pavyzdžiui, kad „nukentėjusiųjų giminaičių žodžiais, nužudymo metu buvęs Čeponis jokių aktyvių veiksmų nevykdė, elgėsi mandagiai“. Šis faktas komisijos buvo įvertintas kaip pakankama priežastis priimti sprendimą nekelti klausimo dėl Sovietų Sąjungos didvyrio vardo suteikimo A. Čeponiui. Kiti trys asmenys – Kauno aps. veikusio sovietinių partizanų būrio „Mirtis okupantams“ partizanai Fiodoras Cibizovas-Jurka, Michailas Lukjanovas-Miška ir Griška, kurio pavardė nebuvo nustatyta, komisijos teigimu, buvo „drąsūs partizanai, įvykdė eilę svarbių užduočių, tačiau taip pat padarė nepateisinamų klaidų ir grubiai pažeidė discipliną“. Sovietinis partizanas radistas-žvalgas Alfonsas Čeponis būryje „Mirtis okupantams“ buvo nuo 1943 m. lapkričio mėn., kai buvo permestas į Kauną su specialia užduotimi. Kaip teigiama tyrimo dokumentuose, visi sovietiniai partizanai, dalyvavę Spirgevičių šeimos užpuolime, žuvo iki „Didžiojo Tėvynės karo“ pabaigos.
Tikrųjų nužudymo priežasčių sovietinė teisėsauga vienareikšmiškai neįvardijo. Versijos, kad tai buvo įvykdyta dėl asmeninių santykių ar prievartos tikslais, taip pat kad dvi jaunos merginos žuvo, kadangi nesutiko būti išniekintos užpuolikų, buvo atmestos kaip nepasitvirtinusios. Komisija tik nurodė patikrinimo metu gavusi duomenų iš buvusių sovietinių partizanų ryšininkų, kad [E.] Spirgevičiūtė ir [S.] Žukaitė buvo nužudytos dėl ryšių su policija, taigi „savigynos, o ne apiplėšimo ar prievartos, kaip teigiama pareiškime, tikslais“.
Lietuvos komunistų partijos Centro komitetui komisijos išvados, galėjusios prisidėti kuriant neigiamą sovietinių partizanų įvaizdį visuomenėje ir diskredituojančios sovietinį partizaninį judėjimą pasirodė nepriimtinos. Faktas, kad E. Spirgevičienė-Kilčiauskienė 1948 m. buvo keletą kartų susitikusi su kunigu Pranu Račiūnu dėl išsaugoto dukters E. Spirgevičiūtės dienoraščio tapo pakankamu pagrindu teigti, kad ji „palaikė glaudžius ryšius su kunigu Račiūnu (nuteistu už kontrrevoliucinę veiklą), kuris bandė Spirgevičiūtės ir Žukaitės nužudymo faktą panaudoti savo tamsiems darbams“. Lietuvos komunistų partijos Centro komiteto biuras K. Liaudžio vadovaujamai komisijai pavedė „iki galo ištirti visus tuos ryšius, nustatyti jų tikslus ir priežastis. <...> Gali būti, kad Spirgevičienė-Kilčiauskienė sąmoningai iškraipė tikruosius Spirgevičiūtės ir Žukaitės nužudymo motyvus“. Komisija pratęsė darbą ir iki 1960 m. birželio mėn., surinko pakankamai „įrodymų“, kuriais remiantis buvo padarytos „teisingos išvados“. 1960 m. birželio mėn. komisijos rašte Lietuvos komunistų partijos Centro komitetui teigiama: „galima daryti išvadas, kad Spirgevičienės-Kilčiauskienės ir kitų jos šeimos narių pareiškimas dėl A. Čeponio dalyvavimo Spirgevičiūtės ir Žukaitės nužudyme yra šmeižikiškas ir, kaip matyti iš patikrinimo medžiagos, parengtas savanaudiškais tikslais; duomenų, liudijančių kad Spirgevičiūtę ir Žukaitę nužudė sovietiniai partizanai, patikrinimo metu negauta“.
Medžiaga Elenos Spirgevičiūtės beatifikacijai pradėta rinkti dar sovietų okupacijos metais. Sovietų saugumo pareigūnams, tyrusiems 1944 m. sausio 3 d. įvykius, kunigas Pranas Račiūnas 1960 m. sausio mėn. nurodė, kad E. Spirgevičiūtės ir S. Žukaitės nužudymo istorija jis susidomėjo dar 1947 m., Kauno senosiose kapinėse pastebėjęs žuvusioms merginoms pastatytą gražų paminklą su iškaltu užrašu „Jums – kankinių vainikas, mums – tautos garbė. Jų tauri garbė ir plieninė valia buvo galingesnė už mirtį“. Kiek vėliau – tų pačių metų lapkričio mėn. pradžioje – prie žuvusių merginų kapo jis susipažino su Elenos motina ir sužinojo apie E. Spirgevičiūtės 1939–1942 m. rašytą dienoraštį. Gavęs E. Spirgevičienės sutikimą, kunigas P. Račiūnas dienoraštį perspausdino, padaugino, parašė E. Spirgevičiūtės biografiją, surinko nemažai medžiagos ir aprašė 1944 m. sausio 3 d. įvykius. Kunigo P. Račiūno teigimu, pažodžiui perrašydamas E. Spirgevičiūtės dienoraštį jis sąmoningai praleido „psichologiniu atžvilgiu nevertingas eilutes, daugiausiai iš jos ankstyvos jaunystės suminėtas nereikšmingas mintis, pasikartojančius posakius. <...> keletą jos prieštarybinių posakių“, kad dienoraštis turėtų tik auklėjamąjį pobūdį kaip psichologinė ir jaunimo doroviniam auklėjimui tinkanti medžiaga. Dienoraščio kopijos buvo pradėtos platinti tarp kunigų ir tikinčiųjų. Saugumui 1949 m. suėmus kunigą P. Račiūną, iš E. Spirgevičienės kratos metu konfiskuotas dukters dienoraščio originalas buvo prijungtas prie jo baudžiamosios bylos kaip daiktinis įkaltis. Vėliau, KGB tardytojui Vasilijui Akuratovui perduodant bylą kitam tardytojui Maksui Kaplanui, dienoraštis dingo. Iki šiol nėra žinių apie dienoraščio originalo buvimo vietą ar sunaikinimą. Vieną iš E. Spirgevičiūtės dienoraščio kopijų, kaip daiktinį įkaltį prijungtą prie saugumo 1959–1960 m. atlikto 1944 m. sausio 3 d. įvykių tyrimo medžiagos, Lietuvos SSR valstybės saugumo komiteto (KGB) dokumentų fonduose saugo Lietuvos ypatingasis archyvas.
Medžiagą apie E. Spirgevičiūtę ir jos žūtį, Kauno arkivyskupijos apaštališkojo administratoriaus vyskupo Liudviko Povilonio MIC pavedimu, rinko Darsūniškio (Kaišiadorių r.) parapijos klebonas Pranas Genevičius. Kauno Šv. Antano Paduviečio parapijos klebono Krizanto Juknevičiaus SDB iniciatyva 1984 m. buvo paminėtas E. Spirgevičiūtės ir S. Žukaitės žūties keturiasdešimtmetis. Tais pačiais metais jis pradėjo rinkti medžiagą E. Spirgevičiūtės beatifikacijai.
1990 m. kunigo K. Juknevičiaus SDB iniciatyva Kauno Šv. Antano Paduviečio bažnyčios šventoriuje esančioje Kankinių sienoje įmūryta atminimo lenta su užrašu: „Geriau mirti, bet nenusidėti. Mergelė Elena Spirgevičiūtė, studentė, skautė, 1924–1944“. 2001 m. gegužės 23 d. Palemono Švč. Mergelės Marijos Rožinio Karalienės bažnyčios varpinėje buvo įkelti trys naujai nulieti varpai, vienas iš kurių dedikuotas Dievo tarnaitei Elenai Spirgevičiūtei. Ant jo užrašyta: „Mergelės kankinės Elenos Spirgevičiūtės šlovės pradžiai pažymėti“.
1998 m. spalio 13 d. Kauno arkivyskupas metropolitas Sigitas Tamkevičius iškilmingai pašventino E. Spirgevičiūtės brolio Česlovo iniciatyva Kaune, Taikos pr. ir Studentų g. sankryžoje pastatytą E. Spirgevičiūtės ir S. Žukaitės atminimui skirtą paminklą. Arkivyskupas pažymėjo, kad kunigo P. Račiūno išsaugotame E. Spirgevičiūtės dienoraštyje atsiskleidžia jos minčių gilumas ir moralinis įžvalgumas. „Šis paminklas apsisprendusiai numirti už moralines vertybes merginai kvies nepasiklysti mirties kultūros pelkynuose, o pasiklydusius prisikelti“, – sakė Kauno arkivyskupas.
Didžiojo Krikščionybės jubiliejaus 2000 m. sausio 15 d. Kauno arkikatedroje bazilikoje iškilmingu Eucharistijos šventinimu Kauno arkivyskupas metropolitas Sigitas Tamkevičius oficialiai pradėjo Dievo Tarnaitės Elenos Spirgevičiūtės beatifikacijos bylą. Arkivyskupo dekretu bylos postulatoriumi paskirtas monsinjoras Pranciškus Tamulevičius, suburta bylos procesui reikalinga specialistų komanda. Drauge su 30 tūkst. naujųjų tikėjimo kankinių pasaulyje ir 114 kankinių Lietuvoje Elena Spirgevičiūtė įrašyta į XX a. Bažnyčios martirologą (kankinių sąrašą), popiežiaus Jono Pauliaus II iškilmingai paskelbtą 2000 m. gegužės 7 d. Romos koliziejuje.
Parengė Lietuvos ypatingojo archyvo KGB dokumentų skyriaus vyriausioji specialistė Edita Škirkaitė