LLMA F. 860 Ap. 1 B. 109 L. 18
1641 m. pastatyta Veliuonos valdytojo Alberto Radvilos, 1788 m. ji sudegė, tais pačiais metais pastatyta nauja. Išgyvenusi vieną amžių, 1907 m. bažnyčia vėl sudega. Nesulaukus valdžios leidimo, pradėta statyti laikina. Policija mėgino uždaryti be leidimo statomą maldyklą, tačiau gyventojai pasipriešino. Laikinoje bažnyčioje 1908–1909 m. neleista laikyti pamaldų (laikytos kapų koplyčioje). 1907 m. įsikūręs „Žiburio“ draugijos skyrius įsteigė biblioteką-skaityklą. 1909 m. pradėtos degti plytos naujai mūrinei bažnyčiai.
Statybą sutrukdė karas. Kunigo Stanaičio rūpesčiu 1918–1922 m. bažnyčia pastatyta. 1920 m. įsikūrė pavasarininkų kuopa. 1944 m. rugpjūčio 13 d. vokiečių artilerija bažnyčią padegė ir stipriai apgriovė. Po Antrojo pasaulinio karo Sintautų klebonas Jonas Damijonaitis (1901–1949) areštuotas ir kalintas, mirė Vilniaus kalėjime.
Laikina bažnyčia 1950 m. įrengta parapijos namuose. Administratorius kunigas Antanas Maskeliūnas po 1971 m. ją suremontavo, 1977 m. pristatė bokštą, įvedė šildymą.
1989 m. gautas leidimas atstatyti mūrinę bažnyčią. 1990 m. kovo mėn. prelato Antano Maskeliūno iniciatyva pradėti bažnyčios atstatymo darbai. Iškentėjusi gaisrus ir okupantų niokojimus, galiausiai bažnyčia buvo pastatyta ir pašventinta 1995 m. rugpjūčio 26 dieną.