Gimęs 1875 metais Varėnoje, 1878-aisiais M. K. Čiurlionis kartu su tėvais persikėlė į Druskininkus, 1889–1892 m. mokėsi Plungės dvaro orkestro mokykloje, vėliau metus grojo kunigaikščio Mykolo Oginskio orkestre Plungėje. 1894–1899 m. mokėsi Varšuvos muzikos institute, 1901–1902 m. tobulinosi Leipcigo konservatorijoje, 1902–1903 m. lankė Varšuvos piešimo klases, 1904–1906 m. – Varšuvos dailės mokyklą, kur studijavo pas Kazimierą Stabrauską, Ferdinandą Ruščicą, Karolį Tichy, Konradą Krzyżanowskį. 1905 m. buvo išvykęs į Anapą prie Juodosios jūros, 1907–1908 m. gyveno Vilniuje. Atvykęs į Vilnių, M. K. Čiurlionis įsijungė į atgimstantį lietuvių kultūrinį gyvenimą, organizavo Lietuvių dailininkų draugijos parodas ir pats jose dalyvavo, buvo ir Vilniaus dailės draugijos narys, vadovavo „Vilniaus kanklių“ draugijos chorui, rengė koncertus.
1908 m. vasarą kartu su Sofija Kymantaite praleido Palangoje, 1909 m. su pertraukomis gyveno Peterburge, užklupus ligai, paskutiniuosius dvejus gyvenimo metus praleido iš pradžių Druskininkuose, vėliau – Pustelninko sanatorijoje prie Varšuvos, kur ir mirė. Palaidotas Rasų kapinėse Vilniuje.