A. Sakalas dalyvavo Lietuvos Atgimimo ir Lietuvos Persitvarkymo Sąjūdžio (toliau – LPS) veikloje. 1988 m. jis – Vilniaus universiteto Sąjūdžio grupės pirmininkas, 1988–1990 m. – LPS tarybos narys, Sąjūdžio Vilniaus skyriaus tarybos pirmininkas. 1990 m. jis, kaip LPS remiamas kandidatas, I ture buvo išrinktas į Lietuvos Respublikos Aukščiausiosios Tarybos deputatus Vilniaus Antakalnio rinkimų apygardoje Nr. 2. A. Sakalas buvo vienas iš Aukščiausiosios Tarybos deputatų, kurie 1990 m. kovo 11 d. balsavo už Lietuvos Nepriklausomos Valstybės Atkūrimo Aktą. Aukščiausioje Taryboje jis buvo Valstybės atkūrimo komisijos bei teisinės sistemos narys, ėjo Prezidiumo nario, Mandatų, vėliau Mandatų ir etikos komisijos pirmininko pareigas.
Atkuriamajame Lietuvos socialdemokratų partijos (toliau – LSDP) suvažiavime 1989 m. rugpjūčio 12 d. A. Sakalas tapo šios partijos nariu, o 1991–1999 m. buvo jos pirmininku (nuo 1999 m. – LSDP Garbės pirmininkas). Nuo 1990 m. birželio 21 d. A. Sakalas priklausė Seimo Centro frakcijai (buvo jos pirmininkas), 1992–2000 m. – LSDP frakcijos Seime narys. 1992 m. ir 1996 m. kandidatu jį į Seimą iškėlė LSDP, o 2000 m. – Socialdemokratinė koalicija (vad. A. Brazauskas).
1992–1996 m. A. Sakalas išrinktas Seimo Pirmininko pavaduotoju, taip pat buvo Etikos ir procedūrų komisijos narys. Eidamas Seimo Pirmininko pavaduotojo pareigas, A. Sakalas daugiausia dėmesio skyrė Seimo darbo organizavimui: darbotvarkių sudarymui, Seimo valdybos ir seniūnų sueigos veiklai, pirmininkavo posėdžiams, vadovavo LSDP frakcijai. LSDP frakcijos vardu jis teikė pasiūlymus dėl Prezidento rinkimų įstatymo, Gyventojų santaupų kompensavimo ir akcijų (pajų) vertės atkūrimo įstatymo, Valstybės pareigūnų ir tarnautojų turto ir pajamų deklaravimo laikinojo įstatymo, Prokuratūros įstatymo, Seimo statuto galutinio projekto ir kt. teisės aktų, dalyvavo diskusijose apie Lietuvos vidaus politiką.
1996–2001 m. A. Sakalas tapo Seimo Teisės ir teisėtvarkos komiteto nariu, o 2001–2004 m. – pirmininku. 1997–2000 m. jis taip pat buvo Šeimos ir vaiko reikalų komisijos narys, kiek vėliau – pirmininko pavaduotojas, 1999–2000 m. – Peticijų komisijos narys, o 2000–2001 m. Švietimo, mokslo ir kultūros komiteto pirmininko pavaduotoju.
***
1. Prof. Aloyzas Sakalas. Fotografijos autorius – Werner Weitzel.
Lietuvos valstybės naujasis archyvas, f. 264 (Aloyzo Sakalo fondas).