1991 m. Lietuva tapo Tarptautinės orientavimosi sporto federacijos (angl. International Orienteering Federation, IOF) nare, o Lietuvos orientavimosi sporto federacijos (LOSF) būstinė buvo perkelta į Kauną. Tais pačiais metais LOSF prezidentas buvo išrinktas į Tarptautinės orientavimosi sporto federacijos tarybą. 1996 m. naujuoju LOSF prezidentu tapo Algirdas Sysas. Dabartinė LOSF Teisingumo ministro įsakymu Nr. 25-V, įregistruota 1997 m. sausio 20 d. 2005 m. dėl Konstitucinio teismo sprendimo uždrausti Seimo nariams užimti kitas pareigas, Seimo narį A. Sysą LOSF prezidento pareigose pakeitė Donatas Kazlauskas, kuris šias pareigas eina iki šiol. 2007 m. LOSF būstinė buvo vėl perkelta į Vilnių.
LOSF 1994–2006 m. leido „Informacinį biuletenį“, kuriame buvo pateikiamos orientavimosi sporto naujienos, LOSF komitetų narių informacija, statistika ir kita informacija susijusi su orientavimosi sportu.
LOSF struktūrą sudaro: visuotinis narių susirinkimas (konferencija) – aukščiausias LOSF valdymo organas; kolegialus valdymo organas – prezidiumas. LOSF vadovauja federacijos prezidentas, generalinis sekretorius, viceprezidentai, vykdantysis direktorius, taip pat orientavimosi sporto bėgte, orientavimosi sporto kalnų dviračiais, orientavimosi sporto slidėmis, orientavimosi sporto takais, moksleivių ir jaunimo, veteranų, žemėlapių komitetai.
LOSF jungia 33 orientavimosi sporto klubus visoje Lietuvoje. Moksleiviai šiuo sportu užsiiminėja sporto mokyklose, jaunimo turizmo centruose, kitose užmokyklinėse įstaigose.
LOSF kasmet rengia žiemos ir vasaros čempionatus, kalendoriuje yra per 60 įvairių varžybų. Dauguma jų tradicinės, sulaukusios ir tarptautinio pripažinimo. Tai Vilniaus, „Tako“ daugiadienės, Lietuvos taurės varžybos. Kartu su Lietuvos orientacininkais jose mielai dalyvauja ir nemažai kitų šalių sportininkų. „Tako“ varžybose pastaraisiais metais startuoja per 1000 dalyvių.
1996 m. Kuršių Nerijos miškuose pirmąkart Lietuvoje buvo surengtos Pasaulio taurės varžybos, kuriose dalyvavo stipriausi planetos sportininkai iš 28 šalių. 2001 m. liepos 1–5 d. Kuršių Nerijoje įvyko Pasaulio orientavimosi sporto veteranų čempionatas, kuriame startavo apie 3000–3500 orientacininkų iš 40–50 šalių.
Šalia varžybų, esančių LOSF kalendoriuje, miestuose ir rajonuose jau beveik 30 metų, kiekvieną pavasarį ir rudenį, šimtai entuziastų kviečiami pabėgioti gamtoje, pasisemti sveikatos, patobulinti orientavimosi įgūdžius dalyvaujant masinėse orientavimosi sporto šventėse. Tradicinėse masinėse OS varžybose jų organizatoriai per metus fiksuoja 12 000 dalyvių startą. Naudodamiesi žemėlapiu ir kompasu, orentacininkai miškuose įveikia pilnus netikėtumų kilometrus: tai kelią užtveria nuvirtę medžiai, tai pelkę, grimstant samanose, tenka perbristi, tai šernų ar stirnų būrį iš tankaus eglyno paginti. Tikslas – kuo greičiau surasti raudonai baltas kontrolinių punktų prizmes.
Anksčiau Lietuvos čempionatuose tiek bėgte, tiek slidėmis itin populiari rungtis buvo markiruotė, kuri buvo iki 1992 m. Tačiau tuo metu neseniai Nepriklausomybę atkūrusi Lietuvos valstybė pilnu tempu pasinėrė keldama kvalifikaciją ir tarptautinius standartus bei įstojo į IOF gretas. Tai lėmė pirmenybių standartų pokyčius – markiruotės trasos nuo 1992 m. nebeliko. Ją pakeitė trasos nurodyta kryptimi, o ilgainiui buvo pradėti dalinti medalių komplektai ir įvairaus nuotolio distancijose, kaip yra reglamentuota IOF nuostatuose: sprintas, vidutinė, ilga. Pirmi medalių komplektai Lietuvos orientavimosi sporto bėgte čempionato labai ilgoje distancijoje oficialiai buvo išdalinti 1993 m. Iki tol sportininkai varžydavosi orientavimosi sporto maratono distancijoje.
2001 m. Pasaulio neolimpinių sporto šakų žaidynėse mišri komanda (V. Rudzenskaitė, S. Ambrazas, G. ir E. Voveriai) laimėjo sidabro medalius, 2002 m. moterų komanda (V. Rudzenskaitė, I. Sargautytė, G. Voverienė) Europos orientavimosi sporto bėgant čempionate – bronzos, kalnų dviračių estafetės moterų komandos 2008 m. Europos orientavimosi sporto čempionate (R. Arlauskienė, K. Mickevičiūtė, V. Reinartaitė) ir 2011 m. Pasaulio orientavimosi sporto čempionate (R. Arlauskienė, K. Mickevičiūtė, A. Šimkonienė-Misiūnaitė) – sidabro medalius.
2002 m. trumpoji distancija Lietuvos čempionatų nuostatuose (bėgte ir slidėmis) įgijo sprinto sąvoką, taip pat buvo išdalinti pirmieji šalies pirmenybių medalių komplektai vidutinėje ir ilgosios trasos distancijose. Iki tol sportininkai varžėsi tik trumpos ir klasikinės distancijos rungtyse. Vienintelė ir nenuginčijama orientavimosi sporto rungtis, kuri išliko nuo 1966 m. iki pat šių dienų, yra komandinė estafetė.
2008 m. kovo 16 d. LOSF konferencija patvirtino federacijos įstatus. Juose numatomi tikslai: plėtoti orientavimosi sportą Lietuvoje, vystyti ir propaguoti visas orientavimosi sporto rūšis (bėgte, su slidėmis, kalnų dviračiais, neįgaliųjų); teisiškai ginti LOSF narių teises ir interesus, plėtoti sportinius ryšius su kitų valstybių sporto federacijomis; ir funkcijos: atstovauti Lietuvos orientavimosi sportui IOF organizacijoje, kituose susivienijimuose bei organizacijose; rengti ilgalaikę orientavimosi sporto plėtojimo programą; organizuoti priemones, reikalingas orientavimosi sporto plėtojimui, koordinuoti LOSF narių veiklą, narių orientavimosi sporto sudarymą, leidybą, naudojimą ir kita.
Dabar orientavimosi sporto varžybose teisėjauja 5 IOF licencijuoti teisėjai kontrolieriai: A. Dambrauskas, R. Jovaišas, D. Morkūnas, V. Nekrašas, V. Paulauskas.
